Infos sur le Covid-19 : Différence entre versions

Version du 25 mars 2020 à 16:12

A la demande de plusieurs personnes j'ai eu l'occasion de répondre sur leurs interrogations sur le Covid-19. Car j'ai compris que plusieurs personnes étaient en demande des informations que j'ai pu compiler pour mes propres besoins, en voici une restitution écrite, datée du 20/03/2020 (la date est importante, les choses changent vite).

Voici donc l'état de mes connaissances relatives à la maladie Covid-19, que je vais essayer de sourcer à chaque fois de manière fiable pour éviter les infox. Quand l'information est basée sur mon appréciation je le préciserai. En général toutes les infos sont soumises au doute scientifique, du fait que nous découvrons complètement ce nouveau virus. Ainsi ce que j'écris aujourd'hui a p-e déjà été contredit par la science, mes avis personnels peuvent tout à fait être contrecarrés et vous avez probablement de meilleures infos que les miennes... donc ne me blâmez pas.

En résumé, ceci est l'externalisation de ma mémoire et c'est pour ces raisons avant tout à moi que c'est bien utile. ;)

C'est quoi un coronavirus ?

Les coronavirus sont issus d'une grande famille de virus touchant animaux et humains (jamais tout le monde en même temps, chaque espèce a ses spécificités propres). Chez l'humain les coronavirus sont connus pour causer des infections respiratoires allant d'une simple fièvre à des cas plus sévères comme le MERS (le syndrôme respiratoire du moyen orient) ou le SARS (le syndrôme respiratoire aigu sévère). Le coronavirus découvert le plus récemment est à l'origine de la maladie Covid-19 et a été nommé le SARS-CoV-2.

Source: OMS https://www.who.int/news-room/q-a-detail/q-a-coronaviruses

Combien de temps dure le fait d'être contagieux ?

Le fait d'être contagieux commence dès le début de la période d'incubation et ce jusqu'à 37 jours après la fin des symptômes. Au tout début de la période d'incubation, la charge virale est moins forte donc le patient est moins contagieux. Globalement après les symptôme le patient reste contagieux durant 20 jours, avec un maximum observé à 37 jours.

Source: The Lancet https://www.thelancet.com/pb-assets/Lancet/pdfs/S014067362305663.pdf

Être contagieux c'est avoir des symptômes ?

Non. Le fait d'être contagieux commence avant les premiers symptômes et dure après la fin de ces derniers. De nombreuses personnes atteintes par le SARS-CoV-2 ne déclarent jamais de symptômes (les enfants en particulier).

Pour auto-évaluer vos potentiels symptômes par rapport au Covid-19 et désengorger médecins de ville et hôpitaux, il existe un questionnaire en ligne : https://maladiecoronavirus.fr/ (MaladieCoronavirus.fr dit se baser sur des recommandations cliniques établies sous l’égide de l’Institut Pasteur et de la coordination du Ministère de la Santé, auxquelles ont contribué des spécialistes d’établissements universitaires publics (AP-HP, CHU Rennes, CHRU Lille), privés (Institut Pasteur - Paris, Centre Jean Bernard - Le Mans), des spécialistes de médecine générale et des ingénieurs experts en e-santé réunis au sein du groupe de travail COVIDTELE coordonné par l'Institut Pasteur.)

Durée d'incubation

La durée d'incubation est de 5 jours en environ après la contamination initiale, avec un minimum de 2 jours et un maximum de 24 jours. La majorité des patients déclarent des symptômes entre 3 jours et 7 jours (la grippe c'est 12 à 72h), 1% des cas dépassent 14 jours (presque négligeable).

Source: Futura Sciences https://www.futura-sciences.com/sante/breves/coronavirus-coronavirus-chinois-periode-incubation-pourrait-atteindre-24-jours-1938/

Et nos enfants ?

Les enfants de moins de 16 sont des êtres humains. Ils sont ainsi tout à fait sujets à contracter le Covid-19. A la différence des adultes néanmoins, une très large majorité d'entre eux sont asymptomatiques, et n'en sont donc en général pas "malades" tel qu'on l'entend communément.

• Source: Etude JAMA du 24/02 parue dans le New England Journal of Medecine https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2762130
• Source: Nouvelobs https://www.nouvelobs.com/coronavirus-de-wuhan/20200308.OBS25750/le-covid-19-epargne-t-il-vraiment-les-enfants.html

Comment ça marche la contagion ?

La contagion se fait très majoritairement par la salive (et les particules fécales marginalement), soit par voie directe en "face à face" soit par l'intermédiaire des objets et surfaces environnantes. Il semblerait que le virus entre principalement dans l'organisme par la bouche, le nez, les yeux.

Sources diverses, communications OMS et gouvernement

Combien de temps je dois "attendre" pour qu'une surface soit "propre" ?

Voici ce que nous (pensons) savons de la survie du virus dans différentes conditions :

• Suspension dans l'air : > 3h
• Surface cuivrée : < 4h
• Surface cartonnée : < 24h
• Surface inox (cuisine) : < 72h
• Surface plastique : ~ 72h (plastique)

Attention ces temps sont des temps extrêmes. La charge virale suit une courbe qui descend vite au début et ralenti sur la fin (y = x/2)

Source: New England Journal of Medecine https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMc2004973

En gros, le virus aime le froid et s'y conserve plus longtemps...

Et mon chien / chat ?

!!! ICI PAS DE SOURCE PRECISE !!!

Pour l'OMS, il n'y avait pas encore de preuve que des animaux, comme les chiens ou les chats, puissent être infectés par ce coronavirus. Les autorités locales de Hong Kong recommandent cependant de ne plus embrasser les animaux de compagnie.

J'ai lu aussi que les animaux pouvaient recueillir et "porter" des particules chargées de SARS-CoV-2 et les "entretenir" durant un temps relativement court (a priori max 72h). Ils ne seraient pour autant pas sensibles au virus, qui ne serait pas adapter à leurs cellules.

Comment ça marche cette épidémie ?

La contagiosité d'une maladie se mesure par rapport à son coefficient R0, qui détermine le nombre moyen de personnes saines qu'un malade peut contaminer. Ce R0 n'est pas absolu mais relatif à une situation... C'est sur ce coefficient que le confinement vise à agir.

Avec le Covid-19, sans compter les patients asymptomatiques (sans doute très nombreux, probablement 80% des porteurs du SARS-CoV-2), le R0 est de 2,8, soient près de 3 personnes contaminée par un seul malade. C'est un taux supérieur à la grippe saisonnière et nettement supérieur au SARS-CoV de 2002.

Sources:

• US National Library of Medicine - National Institutes of Health https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32134116
• Medisquare https://www.medisquare.be/index.php/2020/02/19/le-taux-de-reproduction-de-covid-19-est-plus-eleve-que-celui-du-sras/

Une épidémie s’essouffle dès que le R0 devient inférieur à 1, c'est à dire qu'un malade contamine en moyenne moins d'une personne saine. Deux possibilités pour atteindre cela : l'immunité collective face au virus, la diminution des rapports sociaux physiques.

Arrivée à l'été tout ira mieux, comme pour la grippe !

Pas sûr, le taux d'humidité et la température de l'air ne semblent pas avoir d'influence sur le virus...

Attention dans tous les cas, et comme c'est le cas pour différents virus comme la grippe, un très faible réservoir de virus dans la population peut relancer l'épidémie (sur des personnes n'ayant pas développé d'anti-corps) à tout moment.

Source : medRxiv https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.12.20022467v1

Dans l'absolu ça finit comment cette affaire ?

Toute épidémie "se tasse" quand la majorité (60 à 85%) d'une population a développé des anti-corps contre le SARS-CoV-2. Ces anti-corps peuvent avoir été produits par la "survie" à la maladie des patients atteints, ou par la vaccination (nous n'avons pas de vaccin à ce jour et a priori pas avant l'automne).

La question (à 60-85% donc) n'est donc pas si nous allons y réchapper ou non, mais plus quand nous allons l'attraper et quelle sera la gravité de notre infection (dépend du hasard, de notre santé, de l'état du système de santé au moment où nous aurons besoin de lui).

Source: France TV info https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/coronavirus-on-vous-explique-le-principe-de-l-immunite-collective-sur-laquelle-misent-le-royaume-uni-et-les-pays-bas_3871461.html

Plus on est sérieux avec le confinement, plus vite on en sort non ?

!!! AVIS PERSONNEL !!!

Pas vraiment non. Le confinement ne "bat" pas l'épidémie mais la freine seulement, cherchant à sauvegarder les capacités du système de santé à soigner les patients les plus atteints. L'idée est donc d'étaler dans le temps les 60 à 85% de la population qui seront de toute manière atteints (ou vaccinés de préférence).

Donc on est partis pour durer.

Si on prend les courbes de ce qui se passe en Chine, considérant que l'épidémie a débuté vraiment fin décembre et que le "haut" de la vague est tout juste passée, ils ont mis plus de 3 mois à atteindre le pic de l'épidémie. Mais qui dit "pic" ne dit pas "fin". J'imagine qu'il faudra bien un mois supplémentaire pour pouvoir lever (progressivement) les restrictions. Donc nous avons une durée de 4 mois au moins entre le début de l'épidémie et la levée (progressive) des mesures de confinement.

En France je considère que l'épidémie a débutée en février. + 4 mois, cela nous amène potentiellement à juin pour une levée progressive des mesures de confinement.

Bien entendu cette approche est un peu trop digne d'une estimation de laboratoire. D'autres facteurs interviendront dans les décisions politiques, basés sur l'appréciation de différents risques :

• état social et psychologique de la population
• capacités productives (ex: santé et alimentaire) et risques associés

et sur l'appréciation de différents intérêts :

• économiques et financiers
• politiques
• stratégiques / géostratégiques

Et pourquoi la Corée du Sud a réussi à repousser le Covid-19 ?

!!! AVIS PERSONNEL !!!

La Corée du Sud a su réagir politiquement très en amont de l'épidémie. Son système de santé est très performant. Sa population a suivi très rigoureusement les consignes d'hygiène, sa culture populaire soutenant certaines bonnes pratiques. Le pays pratique 18.000 tests quotidiennement (en comparaison la France pratique 2.500 tests par jour, 5000 à 8000 selon le Ministre de la Santé au 20/03/2020), y compris de personnes saines et asymptomatiques, ce qui permet de procéder à du confinement individuel très efficace.

Que peut-on dire des chiffres au 25/03/2020 ? Où en sont les tests ?

En France, les capacités de faire des tests augmentent. Cependant la fiabilité des tests devient un facteur de doute (59% de fiabilité?). "Interpellés par ce pourcentage de 27 % de positifs, plusieurs médecins ont alerté sur Twitter : il faudrait parfois pratiquer jusqu’à trois tests sur un même patient pour avoir un résultat positif."

Comme quoi il est toujours difficile de prendre des leçons de l'étranger, les Chinois ont depuis longtemps émis ce doute et nombre de médecins déclarent COVID+ des patients sur la base de leur radio des poumons (pneumopathie) et des autres symptômes du Covid-19.

Il convient donc de rechercher les seuls chiffres fiable que nous ayons : celui des personnes hospitalisées et celui des personnes en réanimation, qui semblent corrélés et refléter donc une certaine réalité.

SOURCE: https://www.mediapart.fr/journal/france/250320/covid-19-quels-chiffres-se-vouer

Reste que les tests a posteriori seront sans doute un passage obligé de la sortie du confinement, basé sur la présence d'anti-corps spécifiques au SARS-CoV-2, permettant de déterminer l'immunisation naturelle des personnes au virus, après l'avoir "attrapé", combattu puis vaincu.

!!! MANQUE DE SOURCES !!!

Et en quoi ce virus est vraiment différent d'une grippe saisonnière ?

Il est en effet possible de classer vulgairement le Covid-19 dans la famille des grippes. Cependant la grippe tue environ 0,1% des personnes contaminées, là où le Covid-19 tue environ 1% des personnes contaminées (je considère à la louche les personnes asymptomatiques). !!! AVIS PERSONNEL !!!

Tous les ans la grippe fait aussi des morts. L'hiver 2018-2019 aurait fait en France 8100 morts et plus de 1800 patients accueillis dans les services réanimation, alors que la saison a été réputée particulièrement sévère et que nous savons produire des vaccins pour limiter l'épidémie. Source: Santé Publique France https://www.santepubliquefrance.fr/content/download/199770/2374182

Le Covid-19 pourrait, hors confinement, faire 500.000 morts en Grande-Bretagne en quelques mois, par exemple. Source: Imperial College de Londres https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/coronavirus-on-vous-explique-le-principe-de-l-immunite-collective-sur-laquelle-misent-le-royaume-uni-et-les-pays-bas_3871461.html

En se limitant aux taux de létalité (nombre de morts sur patients symptomatiques, soit une part seulement des personnes atteintes), la mortalité de cette maladie est de 1 à 3%, avec une forte augmentation des statistiques avec l'âge des patients. La capacité d'un système de santé à traiter les patients a un impact non négligeable sur la mortalité de la maladie, d'où l'importance de ne pas surcharger les services de réanimation et d’aplatir la courbe des malades via le confinement.

Source: The Lancet https://www.thelancet.com/journals/langlo/article/PIIS2214-109X(20)30068-1/fulltext

Les problèmes sont donc :

• Aucun taux de mortalité plus de 10x supérieurs à celui de la grippe saisonnière
• Aucun remède ni vaccin n'existent contre le Covid-19
• La vague épidémique pourrait saturer complètement le système de santé, ce qui pourrait augmenter le nombre de morts directs, mais également indirects (d'autres maladies ne pouvant être soignées convenablement)

Je l'ai déjà attrapée, suis-je immunisé ?

Le corps, une fois qu'il a battu un agent infectieux (comme le SARS-CoV-2), conserve la mémoire de la marque de ce dernier, ce qui lui permet de se défendre en cas de nouvelle infection. Un point positif au sujet du SARS-CoV-2 est le fait qu'il mute peu (a priori il aurait un gène limitant les erreurs de recopie de ses 30.000 bases ADN). Un point négatif est que le système immunitaire a la mémoire courte pour les virus. De ce que je connais, un vaccin contre une grippe donnée n'est pas valable plus de 2 années par exemple. On peut considérer qu'une immunité forgée en 2020 prémunit sur l'année complète. Au-delà c'est plus incertain. Dans ce cas, seul un vaccin administré à grande échelle régulièrement pourrait mettre fin à l'activité (visible) de ce virus.

!!! MANQUE DE SOURCES !!!

Par contre un certain nombre d'études, ne permettant pour autant pas de tirer des généralités, indiquent un risque de courte durabilité de la résistance à la maladie.

SOURCE: The Business Insider France https://www.businessinsider.fr/us/wuhan-coronavirus-risk-of-reinfection-2020-2

Conclusion

Portez vous bien et ramenons ensemble le fameux R0 à 0 ! Restons confinés autant que nous le pouvons, respectons les "gestes barrière"... et prenons le temps qu'il faudra. Profitons-en pour comprendre notre monde et comment il a trébuché sur lui-même pour en arriver là. La survie sera d'abord commune, donc aura besoin de politiques différentes !

D'autres infos, plus ésotériques

Rôle et influence du groupe sanguin

Une étude chinoise semblerait démontrer une corrélation entre groupe sanguin et symptômes du Covid-19 nécessitant une hospitalisation. Le groupe sanguin A serait statistiquement plus sévèrement touché par la maladie que le groupe O.

• A: population normale 32%, population hospitalisée 37%
• O: population normale 34%, population hospitalisée 26%

Source: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.11.20031096v1

Une étude sur le SARS-CoV de Hong Kong de 2008 a prouvé in vitro le lien entre la transmissibilité/sensibilité à ce coronavirus et le groupe sanguin des personnes. A priori la structure / le fonctionnement du SARS-CoV-2 serait suffisamment proche de son prédécesseur pour que les résultats de cette recherche s'appliquent au Covid-19, et l'étude citée juste avant montre une corrélation statistique entre groupes sanguins et vulnérabilité.

Source: Academy d'Oxford https://doi.org/10.1093/glycob/cwn093

Il semblerait donc que la vulnérabilité et la transmissibilité du virus aient bien un caractère asymétrique. Les personnes AB seraient vulnérables à toutes les sources de virus. Les personnes O quant à elles ne seraient vulnérables qu'aux virus issus de personnes du même groupe sanguin. Quant à la transmissibilité, elle fonctionne en miroir : les O peuvent transmettre à tout le monde, les AB qu'aux personnes du groupe AB.

L'idée est donc que les particules hébergeant le virus, servant de porteurs de la charge virale, seraient marquées d'anti-gènes liés au groupe sanguin de la personne dont elles sont issues (ex: anti-gène A). Quand ces particules se trouvent en contact avec un organisme disposant d'anticorps (ex: un anti-gène A présent dans le corps d'une personne O), il combattrait les particules "intrus" non pas à cause des marqueurs du virus mais à cause des anti-gènes "sanguins" étrangers.

Ce constat et l'étude citée ont d'ailleurs été relayés par France Inter le 21 mars 2020.

!!! CE QUI SUIT EST UNE INTERPRETATION SOLIDE MAIS PERSONELLE !!!

Cela pourrait être une piste très puissante pour les soignants et le soin du Covid-19 : discriminer les personnes atteintes en fonction de leur groupe sanguin (considérant que O est un groupe sanguin largement répandu) en les plaçant dans des espaces distincts :

• les personnes O seraient plus fortement pathogènes, ainsi les soignants porteraient strictement des protections maximales,
• les personnes A, B et AB seraient alors soignées par des soignants du groupe O, non sensibles aux particules chargées du virus transmises par les patients, permettant ainsi des protections moindres sans conséquences, permettant de pallier au manque de matériel de protection.

A mon sens des études confirmatives (in vitro) pourrait avoir un sens particulier dans le contexte (22/03/2020). Par ailleurs, après en avoir parlé avec des biologistes, les résultats in vitro ne sont pas parfaitement alignés avec les résultats des épidémiologistes. Il faut donc être très prudents sur ce sujet. Enfin, la mise en œuvre d'une telle solution pourrait être relativement coûteuse au niveau logistique, et les risques épidémologiques pas totalement effacés. Une approche bénéfices/risques complexe serait alors nécessaire au cas par cas, ce qui rendrait l'option très complexe à mettre en œuvre.

Quid d'un sérum pour aider les malades Covid-19 ?

Qu'est-ce qu'un sérum ? Le sérum est le liquide sanguin débarrassé de ses cellules et des protéines de la coagulation. Le sérum est donc particulièrement riche en anticorps (Source: Wikipedia). Dans le cas du Covid-19, peu de malades sont totalement remis de la maladie et encore moins ont été confirmés par un test spécifique positif. Pour autant ces derniers ont su produire des anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 à l'origine de la maladie. Ainsi leur plasma, dont est tiré le sérum, est chargé d'anticorps au SARS-CoV-2.

Les difficultés :

• dans le cas de l'utilisation de dons de plasma est que pour traiter un patient il faudrait le plasma de plusieurs donneurs.
• dans le cas de la fabrication d'un sérum, il s'agirait de faire se multiplier les anticorps au SARS-CoV-2, ce qui nécessite alors des essais cliniques positifs.

SOURCE: Le Téléphone Sonne - France Inter - 24 mars 2020 et ses invités Eric D'Ortenzio Médecin épidémiologiste à l'Inserm, coordinateur scientifique du réseau REACTing et Bruno Hoen Directeur de la recherche médicale à l’Institut Pasteur. Écouter à 29'20.

Des remèdes de grand-mère recommandés par des malades

Contributions libres et open-source à des remèdes et des expériences vécus par des malades du Covid-19. A partager, amender, copier, recopier, s'approprier, sans fin : https://github.com/betaglop/covid-19-alternative-medecine-recipes

Scénario amateur et TRES glissant de scénario pandémique à l'échelle de la France

!!! ATTENTION TRES TRES GLISSANT POSSIBILITE D'INFOX !!! !!! AVIS PERSONNEL DE MOI-MEME PAS DU TOUT EPIDEMIOLOGISTE !!!

Selon les estimations les plus pessimistes, 500.000 personnes pourraient mourir du Covid-19 en France sans mesure de confinement. J'ai essayé de refaire le calcul (en date du 21/03/2020) avec mes mimines.

Chiffres approximatifs de base

• taux médian de mortalité de 1% (entre 1 et 3%) sur les personnes symptomatiques (ce qui signifie des moyens sanitaires efficients, donc un confinement strict respecté)
• taux de cas sévères 5%, cas graves 15% des personnes symptomatiques Covid-19
• 60% de personnes asymptomatiques (80% de personnes asymptomatiques et avec des symptômes sans prise en charge médicale)
• un épuisement de l'épidémie avec 60% de la population ayant développé des anti-corps
• 70.000.000 de Français
• Pas de vaccin

Biais

• Les enfants sont-ils comptés dans le données sources ?
• Données approximatives et estimées
• Manque d'expérience et de connaissances universitaires en épidémiologie

Résultats

En fin d'épidémie, il est possible que ces chiffres se justifient... Attention, résultats amateurs.

• Personnes ayant contracté le virus SARS-CoV-2, avec ou sans symptôme = 60% de la population = 42.000.000 personnes
• Personnes symptomatiques Covid-19 = 40% de 49.000.000 = 16.800.000 personnes (au maximum, minimum: 8.400.000 personnes)
• Personnes symptomatiques Covid-19 graves: 2.520.000 personnes (3,6% de la population totale) ; critiques: 840.000 personnes (1,2% de la population totale)
• Personnes décédées du Covid-19: 196.000 personnes (0,28% de la population totale) (ou au minimum 84.000 personnes : 0,12%)

Lien avec les particules fines

Une étude italienne de la Société Italienne de Médecine corrobore une étude du New England journal of Medecine qui fait le lien entre pollution atmosphérique (particules fines) et transmission du virus. Les environnements où l'air est particulièrement chargé en particules fines seraient ainsi susceptibles de véhiculer le virus plus que dans un environnement à l'air "propre". Ainsi les grandes villes et les bassins industriels (Wuhan, Paris, Milan) seraient particulièrement propices à la transmission par l'air.

Ces informations ont été reprises par la RTBF le 21 mars 2020.

Sources:

• http://www.simaonlus.it/?page_id=694
• New England journal of Medecine

Un respirateur conçu en open-source

Makers, voilà la pièce du moment à fabriquer sur vos imprimantes 3D !! Un respirateur open-source : https://opensourceventilator.ie/

Dans la lignée des fablabs, sera-t-il réellement déployé ? Je l'espère !

Des avis critiques sur la situation

Ce qui ne varie pas c'est le changement potentiel dans notre vision du monde pour l'après-Covid-19... Mais tout le monde ne s'accorde pas sur les conséquences à attendre de cet épisode.

Pétition en soutien aux 600 médecins qui portent plainte contre A.BUZYN et E.PHILIPPE

"Pour ces médecins, le gouvernement était au courant des dangers liés à l'épidémie mais n'a pas agi suffisamment tôt ni pris les bonnes mesures, notamment le stockage de masques et la mise en place de tests systématiques, qui aurait permis d'isoler les "porteurs sains" capable de contaminer plusieurs personnes."

https://www.change.org/p/peuple-fran%C3%A7ais-nous-soutenons-les-600-m%C3%A9decins-qui-attaquent-e-philippe-et-a-buzyn-en-justice-0a5b7677-4cfb-4d4a-8dc2-9703a40a0115

Jean-Dominique MICHEL, anthropologue de la santé et expert en santé publique

Le 18 mars 2020 Jean-Dominique Michel publie un billet très sceptique sur la situation que nous vivons : http://jdmichel.blog.tdg.ch/archive/2020/03/18/covid-19-fin-de-partie-305096.html

On peut y lire que la situation ne dépasse pas celle d'une mauvaise saison grippale, que le taux de mortalité du Covid-19 est de 0,3% (ici j'indique 1%), que la chloroquine est évidemment une solution immédiate au problème, pointe du doigt la réaction des autorités... avec un argumentaire assez propre et construit pour s'y arrêter.